O sistema Netstore opera no momento com os seguintes meios de pagamento:
- Boleto Bancário Banco do Brasil
- Boleto Bancário Bradesco (SPS Bradesco)
- Boleto Bancário Itaú (Itaú ShopLine)
- Cartão de Crédito American Express (POS Digitado, Cielo)
- Cartão de Crédito Diners (POS Digitado, Cielo e Redecard)
- Cartão de Crédito Hipercard (POS Digitado, Redecard)
- Cartão de Crédito Mastercard (POS Digitado, Cielo e Redecard)
- Cartão de Crédito Visa (POS Digitado, Cielo e Redecard)
- Cartão de Débito Visa Electron (Cielo)
- Cartões de Crédito Bradesco (SPS Bradesco)
- Crediário Internet Banco do Brasil
- Débito em Conta Banco do Brasil
- Débito em Conta Banco Bradesco (SPS Bradesco)
- Débito em Conta Banco Itaú (Itaú Shopline)
- Depósito Bancário (configurável para até 5 contas)
- Financiamento Bradesco (SPS Bradesco)
- Financiamento Itaú (Itaú ShopLine)
- Bcash! Buscapé
- PagSeguro UOL
- Transferência Eletrônica de Fundos Bradesco (SPS Bradesco)