Primeiro acesse seu gerenciador, vá em Cadastros > Frete > Configuração de Transportadoras, habilite as transportadoras com as quais pretende operar (não se esqueça de atualizar os preços de frete), depois vá em Configurações > Sistema > Configurações Gerais e em "Tipo de Cálculo de Frete" altere para "O cliente é quem seleciona a transportadora".